Als dritte und letzte Nachkriegsgemeinde in der Andernacher Kernstadt entstand in den 1960er Jahren St. Stephan. Drch eine immer weitergehende Ausdehnung der Stadt entstan die Südstadt. Um nah bei den Menschen zu sein, die zum Teil noch unter schwierigsten Bedingungen lebten, errichtete die evangelische Kirche zunächst die ehemalige Kreuzkirche, während als Tochter der katholischen Kirchengemeinde St. Albert und Enkelin von Maria Himmelfahrt die Kirche St. Stephan erbaut und 1968 geweiht werden konnte.
Der Architekt Hans Schädel errichtete ein modernes Gemeindezentrum, das in seiner Grundform einer klassischen Klosteranlage nachempfunden ist. Pfarrbüro, Pfarrsaal und Pfarrkirche reihen sich von West nach Ost aneinander, verbunden durch zwei umfassende Gänge und getrennt durch zwei große Lichthöfe. Inspiriert vom Zweiten Vatikanischen Konzil ist die Stephanskirche mit ihrer kegelförmigen Kuppel einem Zelt nachempfunden, in dessen Mitte der Altar steht, um den sich die Gemeinde versammelt.
Die Kombination von Grauwacke und Basalt lässt den Kirchenraum sehr dunkel wirken – nach der Konzeption des Architekten soll die Gemeinde als Volk Gottes Farbe und Lebendigkeit in die Kirche bringen. Gleichzeitig wird die große Kuppel von vier Säulen gestützt, die die wichtige Orten des GottesOrtes beheimaten: Taufbrunnen, Tabernakel, Evanglienständer und eine abstrakte Darstellung einer Schutzmantelmadonna. Zudem zeigt sich die damals noch junge deutsch-französische Aussöhnung in der Kirche: Betritt man die Kirche vom Innenhof aus, begegnet man den Portalen, die aus dem Dachstuhl des Pariser Louvres geschnitzt sind. Kommt man jedoch durch den Glockenturm in die Kirche, findet sich in die Wand eingelassen ein Bruchstück des Turms der Kathedrale Saint-Étienne de Toul.
Im Innenhof finden sich vier große Steine, die auf das Martyrium des Kirchenpatrons hinweisen: Die Steinigung des Diakons Stephanus. Dem diakonischen Erbe des Patrons getreu verstand der erste Pfarrer der Pfarrei St. Stephan, Günter Schmidt (Ehrenbürger der Stadt Andernach, + 2019), die Aufgabe der noch jungen Gemeinde unter dem Leitbild „Miteinander – Füreinander“. So entstanden im Laufe der Jahre eine Vielzahl sozialer Einrichtungen wie beispielsweis das Altenzentrum-St.-Stephan-Stiftung oder die Stiftung Kirchliche Sozialstation Andernach. Ebenso befindet sich in den Räumen des ehemaligen Pfarrbüros ein Caritas-Zentrum, um dieses diakonische Erbe fortzusetzen.