In den 1870er Jahren plante man für den Regierungsbezirk Koblenz der preußischen Rheinprovinz eine damals noch sogenannte „Irrenanstalt“. In deren Zentrum wurde ein Verwaltungsgebäude errichtet, in dessen erstem Obergeschoss 1876 die im neogotischen Stil errichtete Anstaltskapelle geweiht werden konnte.
Das Patrozinium des Heiligen Thomas Becket, Erzbischof von Canterbury, erinnert an die ehemalige Abtei auf dem Gebiet des heutigen Schulzentrums, die die Gottesmutter und ebenfalls den Heiligen Thomas Becket im Namen trug. Deren Friedhofskapelle war die heutige St. Michaelskapelle.
Bis heute dient die Klinikkirche St. Thomas der katholischen und evangelischen Krankenseelsorge der Rhein-Mosel-Fachklinik als GottesOrt.
