Die heutige Hospitalkirche war zunächst Klosterkirche der Schwestern des Annunziatenordens, die sich 1653 in Andernach niederließen und ab 1667 mit dem Bau ihres Klosters begannen. 1740 konnte dann auch die aus Bruchstein im Stil des Barock errichtete Kirche geweiht werden.
Mit der Aufhebung der Klöster im Zuge der Säkularisation 1802 endete auch die Zeit der Annunziatinnen in Andernach und das Kloster wurde städtisches Eigentum. Nach einigen Jahren unwürdiger Nutzung als Stall und Lagerraum wurde das Gebäude, wie auch unter den Annunziatinnen wieder eine Schule, bis schließlich 1834 das Hospital angesiedelt wurde, das sich zuvor im Gebiet der heutigen Stadthausgalerie befand. Als Kirche für die Krankenhausseelsorge dient der GottesOrt bis heute.
Von außen mag die Hospitalkirche recht rustikal wirken, der Innenraum entfaltet jedoch seine ganze barocke Pracht: Die großflächige Ausmalung zeigt unter anderem den Lebenszyklus der Gottesmutter und der Ordensgründerin der Annunziatinnen, Johanna von Valois. Ebenso wurde nach einem Krippenbrand 1977 die moderne Nachkriegsausstattung wieder durch einen barocken Hochaltar, Zelebrationsaltar und Ambo ersetzt.
Neben dem eigentlichen Patron der Kirche, dem Heiligen Josef, dem Bräutigam Mariens begegnet einem zudem der Patron der Krankenhausstiftung in der Hospitalkirche: Der Heilige Nikolaus, Bischof vom Myra.